L'evoluzione dell'idea originaria di Porto Ferroviario della Valdera (PFV) consiste nell'includere all'interno del progetto anche la nuova Linea Ferroviaria Lucca-Pontedera. In questo modo si viene a configurare una nuova dorsale con direzione nord-sud che tende a ricucire il territorio della Valdera ed offre ai cittadini una mobilità sostenibile ed innovativa. Questa nuova configurazione amplia l'importanza del PFV andando ad offrire nuove opportunità di sviluppo a tutti i comuni compresi all'interno dell'Unione dei Comuni della Valdera che conta un bacino di utenza di 120.000 persone collegando le più importanti zone industriali della Toscana.

L'idea originaria di Porto Ferroviario della Valdera (PFV) si è con­figurata inizialmente come l'area all'interno del tessuto urbano di Pontedera che verrà interessata dagli interventi necessari all'innesto delle nuove linee ferroviarie previste dal PAV. Tali interventi, per la rilevanza che assumono, vengono necessariamente pensati in maniera unitaria e sinergica per andare a costituire un'opportunità di sviluppo e riqualifi­cazione dell'area ferroviaria che vanno a modi­care. Proprio all'interno del PFV, infatti, si confi­gurano trasformazioni urbane importanti.
Il termine "porto" è stato scelto appositamente per descrivere una realtà di scambio tra modalità di trasporto sia merci che passeggeri.
Primo intervento previsto è il PIF ( Piattaforma intermodale ad alta automazione con scalo merci integrato). Questo si con­figura come scalo merci dotato della tecnologia tipo "Metrocargo" per la movimentazione bimodale ferro-gomma di merci strutturate in contenitori in località La Badia. Allo stesso tempo tale infrastruttura sarà dotata di fermata passeggeri per andare a costituire una delle fermate della nuova tramvia di Pontedera, altro intervento inserito nel PFV.
Il nuovo ramo ferroviario a servizio del PIF diviene parte integrante del secondo intervento previsto dal PFV: il nuovo collegamento ferroviario a doppio binario con il porto di Livorno. Questo permetterà un potenziamento della ricettività via ferro delle merci provenienti dal porto di Livorno con destinazioni europee, decongestionando il nodo di Pisa e permettendo il facile inserimento dei convogli nella linea Pisa-Firenze.
La nuova linea ferroviaria per Lucca andrà a costituire il terzo intervento del PFV andandosi ad innestare nella linea Pisa-Firenze in località il Capannone.
Altra fase sarà la realizzazione della linea per Volterra (dorsale della Valdera) che si andrà ad inserire nella Firenze Pisa in località Campi d'Era. Questa va a potenziare l'o‑erta della mobilità della Valdera diminuendo il carico di traffico gomma su via della Fila.
Il PFV prevede allo stesso tempo il recupero dello scalo ferroviario dismesso di Pontedera, adiacente alla Stazione Centrale, e la risoluzione delle criticità create, all'interno del tessuto urbano di Pontedera, dalla stecca ferroviaria Firenze-Pisa.