L'idea-progetto iniziale  si è sviluppata fino alla  redazione del masterplan complessivo per il riassetto della  rete ferroviaria regionale toscana nel quadrante territoriale delle province di Pisa, Livorno, Lucca. E' l'idea di integrare l'attuale rete ferroviaria con tre nuove linee per un totale di 95 km derivanti in parte da riattivazione e potenziamento di tratte esistenti.  L'innesto sull'asse  Pisa-Firenze  avverrà all'altezza della città di Pontedera.

Queste nuove tratte, tra loro autonome, sono composte funzionalmente da:

linea Volterra-Pontedera-lucca                            
linea Porto di Livorno-Pontedera
linea Aeroporti Toscani

 

Insieme di opere ferroviarie capaci di aumentare la competitività del sistema logistico e del trasporto (di merci e persone) sul territorio della Valdera.
Ciò prevede un nodo ferroviario complesso nel Comune di Pontedera nel quale si innestano tre nuove linee ferroviarie proposte per il progetto di area vasta: il nuovo braccio ferroviario di collegamento con il Porto di Livorno, la nuova linea Lucca-Pontedera (recuperando l'antico tracciato oggi dismesso) , la nuova dorsale della Valdera per il collegamento con Volterra.
Proprio a Pontedera si realizzerà la connessione tra le suddette nuove infrastrutture e il corridoio ferroviario Firenze Pisa.

Insieme di opere interessanti l'asse Livorno-Pontedera. 
Le opere riguardano principalmente il riassetto delle linee esistenti (nelle aree del Porto di Livorno e dell'Interporto di Gusticce) anche mediante realizzazione di nuove opere territorialmente contenute (sottopassi, innesti raddoppi) e interventi ex-novo sull'asse di collegamento Collesalvetti-Pontedera (creazione nuove linee ferroviarie).

Insieme di opere interessanti l'asse Pisa-Firenze. 
L'opera è finalizzata a creare sinergia infrastrutturale tra gli scali aeroportuali di Pisa e Firenze (passando  l'interporto di Guasticce) mediante realizzazione di opere ferroviarie minime (raccordi e innesti sulla linea esistente).